Не знаю, я мало с ним работала и без гуя.
Они хотят все делать в одной программе, чтобы не гонять туда-сюда между несколькими.
Я их очень хорошо понимаю - мне тоже вечно хочется сделать один большой скрипт, который Делает Всё, и чтобы ручками ничего не было надо.

А что мешает в коде задать любые группы, дизайн, итд? Это будут только значения переменных, которые ты потом меняешь и просто перезапускаешь скрипт.

Сейчас просто пришлю к тебе Лиринку, которая соавтор, и пусть она дальше отвечает. Я по R не специалист.