сравнила, все совпало. :)
ВНЕЗАПНО обнаружила, что симлинк директории с не помещающейся базой (не всю /var/lib/mysql, а только /var/lib/mysql/foo сделать ссылкой) почему-то тоже работает
вообще непостижимо.
может, это были какие-то ошибки в файловой системе, на которой проверка mysql падала, конечно x.X хотя я проверил и все чисто.